استفاده از داده های بیان ژن در تعیین شبکه برهمکنش ژن های میتوکندریایی افزایش بیان یافته مؤثر بر باروری گاو شیری

Abstract

مقدمه: میتوکندری، سازمانی بسیار مهم در سلولها است و وظیفه تأمین انرژی برای سلول را دارد. DNA میتوکندریایی از ماده ژنتیکی میتوکندری مشتق میشود. بررسی ژنهای میتوکندری و همچنین برهمکنشهای پروتئینی در این ارگان از اهمیت بیشتری برخوردار است و اطلاعات مهمی بهویژه درزمینه باروری ارائه میکند. در صنعت دامپروری، باروری یکی از عوامل حیاتی و اساسی در بهرهوری و سودآوری است. گاوهای شیری نقش بسیار مهمی در نیازهای تغذیهای جامعه ایفا میکنند؛ بنابراین، باروری در گاوها بهعنوان عامل اصلی نسل جدید دامها تلقی میشود. بررسی ارتباط بین میتوکندری و باروری گاوهای ماده بسیار پیچیده است. در این تحقیق، به بررسی شبکههای برهمکنش پروتئینی میتوکندری با استفاده از دادههای بیان ژنی به تحلیل و تفسیر تعاملات پروتئینی میتوکندری در رابطه با باروری گاوهای ماده پرداخته شد. مواد و روش ها: در گام اول دادههای مربوطه از پایگاه اطلاعاتی NCBI استخراج شدند. سپس کیفیت دادهها بررسی گردید و ژنهایی میتوکندریایی که در باروری نقش دارند مشخص شدند و مقایسه میان ژنها انجام گرفت. با استفاده از پایگاه داده STRING روابط میان ژنها و عوامل رونویسی بررسی شد و در ادامه از پایگاه داده DAVID برای شناسایی مسیرهای ژنی و فرآیندهای بیولوژیکی استفاده گردید و در آخرین گام شبکههای بین ژنها توسط نرمافزار Cytoscape مجسم سازی شدند. نتایج و بحث: یافتهها نشان داد ژنهای بهدستآمده ازجمله MRPL33 ، MRPL1 و MRPS22 ، بهوسیله مسیرهای بیولوژیکی در فرآیند باروری دخیل هستند. نتیجه گیری کلی: این ژنها ممکن است نقشهای مختلفی در بیولوژی باروری دامها ایفا کنند. میتوان از این دادهها در مطالعات پویش ژنوم استفاده نمود.