برازش شبکه برهمکنش پروتئین های مؤثر بر باروری گاو شیری بر اساس داده های بیان ژن

Abstract

مقدمه: صفات تولیدمثلی در صنعت دامپروری از اهمیت بالایی برخوردار است که این اهمیت بهمرورزمان در حال افزایش است. این اهمیت بهدلیل تأثیر مستقیمی است که این صفات بر سودآوری واحدهای دامپروری دارند و این مسئله روزبهروز موردتوجه بیشتری قرار میگیرند. نرخ باروری یکی از صفات مهم در حوزه دامداری است که به توانایی یک دام در تولید نسل و نسل جدید اشاره دارد. برای تولیدکنندگان دام، نرخ باروری اهمیت زیادی دارد، زیرا افزایش این نرخ باعث بهبود در میزان تولید و بهرهوری واحد دامپروری میشود. در زمینه دانش بیوانفورماتیک، یافتن ژنها در میان توالیهای ژنومی از اهمیت به سزایی برخوردار است. ژنها واحد اصلی و اساسی وراثت هستند و اطلاعات مربوط به ساختار و عملکرد سلولها و ارگانیسمها را در خود جایدادهاند. این مطالعه باهدف بررسی شبکه برهمکنش پروتئینهای مؤثر بر باروری گاوشیری بر اساس دادههای بیان ژن اجراشده است. مواد و روشها: برای بررسی سازوکارهای اثر ریز ریبونوکلئیکاسیدها برخصوصیت باروری، از طریق دادهکاوی ناحیه ژنها، به جستجوی ژن جدید و سازوکار احتمالی مرتبط با صفت مزبور در گاو پرداخته شد. ژنهایمرتبط با باروری درگاو، از پایگاه اطلاعاتی NCBIجستجو شد، سپس توسط GEO2Rو با استفاده از نرمافزار Rنتایج، تجزیهوتحلیل گردید و پس از آن، شبکه بین ژنی، توسط پایگاه اطلاعاتی Stringایجاد گردید. همچنین از پایگاه DAVIDبرای مطالعه بیولوژیکی ژنها، استفاده شد و در پایان، ارتباط بهدستآمده، توسط نرمافزار Cytoscapeمجسم سازی شد. نتایج: یافتههای این تحقیق نشان دادهاند که ژنهای زیادی ازجمله ،WDR12 ،ENY2 ،NDC80 ،PPP2R3C ،CDK1 MCM5 ،C1QB ،LAPTM5 ،MRPL27و TPX2توسط مسیرهای بیولوژیکی مختلف در بافت آندومتریم اثر میگذارند. این اثرات میتوانند به طرق مختلفی بر باروری حیوانات تأثیر بگذارند و از این طریق به بهبود عملکرد تولیدی آنها کمک کنند و بهعبارتدیگر، ژنهای موردبررسی توانمندند که از طریق مسیرهای بیولوژیکی در بافت آندومتریم دیوار رحم تنظیم شوند و درنتیجه، بر اموری مانند باروری حیوانات تأثیرگذار باشند. بحث و نتیجهگیری: این مطالعه ممکن است به دامداران این امکان را بدهد تا استراتژیهای بهینهتری را برای بهبود باروری حیوانات اجرا کنند