برازش شبکه ی برهمکنش عوامل رونویسی مؤثر بر نرخ تخمک گذاری و ژن های شناسایی شده با استفاده از تحلیل پروموتردر گاو

چکیده مقاله

زمینه مطالعاتی: اهمیّت صفات تولیدمثلی، با توجّه به اثر مستقیم بر سودآوری واحدهای پرورشی، روز به روز بیشتر میگردد. یکی از این صفات، نرخ تخمکگذاری است. روش کار: در این پژوهش، با استفاده از تحلیل ناحیهی آغازگر ژنهای کاندید مرتبط با نرخ تخمکگذاری، به شناسایی ژنهای کاندید جدید و بررسی سازوکارهای مولکولی مرتبط با این صفت پرداخته شد. برای این منظور، ابتدا ژنهای کاندید مرتبط با نرخ تخمکگذاری، از پایگاه اطّالعاتی NCBI استخراج گردیدند. سپس بهکمک نرمافزار Genomatix ،عوامل رونویسی که بر ناحیهی آغازگر، جایگاه اتّصال داشتند، مورد کاوش قرار گرفتند. ناحیهی آغازگر تمامی ژنها در رابطه با عوامل رونویسی بهدست آمده از مرحلهی قبل، مورد بررسی قرار گرفت و آن دسته از ژنهایی که برای عوامل رونویسی، جایگاه اتّصال داشتند، بهعنوان ژنهای کاندید احتمالی در رابطه با نرخ تخمک- گذاری، گزارش گردیدند. بهمنظور بررسی مهمترین عوامل رونویسی و مؤثّرترین ژنهای هدف آنها، از بازسازی شبکهی برهمکنش پروتئینی با استفاده از پایگاه اطّالعاتی STRING استفاده گردید. مسیرهای زیستی مؤثّر بر نرخ تخمکگذاری نیز با استفاده از پایگاه اطّالعاتی GO comparative مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج: نتایج نشان داد عوامل رونویسی مؤثّر بر بیان ژنهای شناسایی شده بر نرخ تخمکگذاری، میتواند بیان 51 ژن دیگر را سبب گردد. برازش شبکهی برهمکنش عوامل رونویسی و ژنهای هدف آنها، نشان داد عوامل رونویسی E2F1 و TFDP1 از مهمترین عوامل رونویسی مؤثّر بر بیان ژنهای کنترل کننده تخمکگذاری میباشند و دو ژن CAV1 و RANBP1 نیز بهعنوان مهمترین ژنهای هدف عوامل رونویسی، مطرح گردیدند. این ژنها در تمایز سلولی، تنظیم چرخهی سلولی و تنظیم رونویسی در تخمک نقش دارند. نتیجهگیری: بر اساس نتایج این پژوهش، مهمترین سازوکارهای مولکولی مرتبط با نرخ تخمکگذاری مسیرهای سیگنالدهی STAT-JAK ،تیروزین کیناز، مسیر زیستی مرتبط با عامل رشد بتا، مهاجرت سلولی و مسیرهای زیستی مرتبط با JNK بودند که از جنبههای مختلف، تخمکگذاری را تحت تأثیر قرار میدهند.