استفاده از داده های RNA-seq در شناسایی ژن های پاسخ گو به تنش گرمایی در کشت سلولی سلول های کبدی جوجه خروس لگهورن سفید

Abstract

تنش گرمایی به دلیل افزایش دمای بدن رخ می دهد و به عنوان یکی از مهم ترین عوامل اثرگذار، سبب کاهش عملکرد رشد و سیستم ایمنی و در نهایت، افزایش تلفات می شود. این تحقیق، به منظور شناسایی ژن های مرتبط با پاسخ به تنش گرمایی در سلول های کبدی خروس های لگهورن سفید انجام گردید. بر مبنای آستانه میزان کشف اشتباه (FDR≤0.05) و مقایسه تفاوت بیان ژن¬ها در گروه تنش گرمایی در مقابل گروه شاهد، تعداد ژن‌های با بیان بالا و پائین به¬ترتیب 42 و 17 ژن بودند. بر اساس روش خوشه‌بندیK-means ، تعداد 2000 ژن که بیشترین تغییرات را داشتند به 7 خوشه تقسیم شدند. هستی شناسی ژن براساس دیدگاه فرآیند زیستی نشان داد که مسیرهای زیستی تقسیم سلولی در خوشه A (با 454 ژن) از جمله مسیرهای غنی شده با بالاترین معنی¬داری بودند. همچنین ژن های معنی‌دار با بیان بالا شامل HSP90AA1، BAG3 و DNAJA4 (و مرتبط با مسیر پاسخ به گرما) و ژن‌های HSP90AA1، HSPH1 و DNAJA4 (و مرتبط با تاخوردگی پروتئین) و ژن‌های HSP90AA1 و BAG3 (و مرتبط با مسیر پاسخ سلولی به گرما) شناسایی شدند. با شناسایی ژن های مرتبط با پاسخ به تنش گرمایی، می توان زمینه ی انتخاب ژنتیکی حیوانات مقاوم را بر اساس مطالعات پویش ژنومی فراهم نمود.