آنالیز بیان افتراقی نمونه‌های شیر گاوهای شیری سالم و مبتلا به ورم پستان با استفاده از داده‌های ریزآرایه

چکیده مقاله

بیماری ورم پستان یک چالش اصلی برای متخصصان اصلاح نژاد گاو شیری محسوب می‌شودکه با کاهش کمیت و کیفیت شیر، کاهش طول عمر و افزایش هزینه های دارو و درمان آثار مخربی بر اقتصاد گله دارد. با تجزیه وتحلیل مجموعۀ داده‌های بیان ژن، می‌توان ژن‌هایی که در بافت بیمار نسبت به بافت سالم تفاوت بیانی نشان داده‌اند را شناسایی کرد. لذا شناسایی ژن‌های عمده موثر بر مقاومت نسبت ورم پستان و کاربرد روش گزینش به کمک نشانگرها فرصت مناسبی را برای بهبود وضعیت ورم پستان در صنعت گاو شیری فراهم کرده است. برای بررسی تفاوت بیان ژن‌ها از بسته نرم¬افزاری limma استفاده شد و براساس خطای نوع اول (FDR<0.1) و تغییرات بیش از دو برابر و با مقایسه تفاوت بیان ژن¬ها در گروه گاوهای مبتلا به ورم پستان در مقابل گاوهای سالم تعداد ژن‌های با بیان بالا و پائین به¬ترتیب 2267 و 1959 ژن بود. براساس روش خوشه‌بندیK-means ، 1000 ژن که بیشترین تغییرات را داشتند به دو خوشه تقسیم شدند به طوری‌که در خوشه اول 621 ژن و در خوشه دوم 379 ژن قرار گرفت و مسیرهای زیستی پاسخ به دفاع (93 ژن) و مرحله سیستم ایمنی (116 ژن) و پاسخ به استرس (128 ژن) در خوشه اول بالاترین معنی¬داری را داشتند. نتایج نشان داد نرم¬افزار iDEP می‌تواند به شناسایی مسیرهای زیستی درگیر و همچنین ژن‌های کاندید برای بیماری ورم پستان کمک نماید.