ارزیابی پروفایل بیان ژن مشتق از ریزآرایه در بیماری تب شیر گاوهای شیری با استفاده از ابزارهای زیست داده ورزی

چکیده مقاله

تب شیر سالانه خسارت¬های اقتصادی زیادی را به صنعت گاوشیری وارد می¬کند و سبب بروز بسیاری از بیماری¬های متابولیک دیگر در گاوهای شیری می¬باشد. شناسایی ژن¬های درگیر در بیماری‌های متابولیک نه تنها می‌تواند موجب بهبود تشخیص و پیشگیری از بیماری¬های مورد نظر ‌شود بلکه در انتخاب راهکارهای درمانی کارآمد و همچنین در انتخاب دام‌های مقاوم، به اصلاح¬گران کمک خواهد کرد. به منظور بررسی تفاوت بیان ژن‌ها و مسیرهای زیستی درگیر در بیماری تب شیر از نرم افزار تحت وبiDEP استفاده گردید. با روش خوشه¬بندی کی- میانگین (K-means clustering) 2000 ژن که بیشترین تغییرات را داشتند، به دو خوشه تقسیم شدند به طوریکه در خوشه اول 1567 ژن و در خوشه دوم 433 ژن قرار گرفت و مسیرهای زیستی پاسخ به التهاب (25 ژن) و کموتاکسی (13 ژن) در خوشه اول معنی‌دار بودند. مقایسه تفاوت بیان ژن‌ها در نرم افزار iDEP با استفاده از بسته نرم افزاری limma انجام شد. براساس خطای نوع اول (FDR<0.1) و تغییرات بیش از دو برابر در گروه گاوهای سالم با گاوهای مبتلا به تب شیر که با یک¬بار تزریق کلسیم به درمان پاسخ دادند، تعداد ژن¬های با بیان بالا و پائین به¬ترتیب 124 و 2358 ژن بود، درحالی¬که این تعداد در مقایسه با گاوهای مبتلا به تب شیر که با بیش از یک¬بار تزریق کلسیم به درمان پاسخ دادند به¬ترتیب 703 و 3294 ژن بود. این یافته‌ها می‌تواند در معرفی ژن کاندید که ممکن است در برنامه‌های اصلاح نژادی تب شیر مفید باشد، کمک کند.