آنالیز بیان افتراقی ژن های غده هاردین مرغ در عفونت ویروسی بیماری نیوکاسل تحت استرس گرمایی با داده های Rna-seq

چکیده مقاله

مقدمه: در پشت هر چشم مرغ یک بافت لنفاوی منحصر به فرد به نام غده هاردرین وجود دارد که تجزیه و تحلیل توالی RNA RNA-seq)) برای آن جدید است. این سلولها وابسته هم به تیموس و هم بورس فابرسیوس وابسته است. ویروس بیماری نیوکاسل، معیشت مرغداران روستایی که زیرساخت­ها و خدمات محدودی برای واکسیناسیون و جلوگیری از شیوع ویروس دارند را تهدید می­کند. هدف از این مطالعه، آنالیز بیان افتراقی ژن­ها در غده هاردرین مرغ تحت عفونت با نیوکاسل در طیور لگهورن تحت استرس حرارتی بود. مواد و روش ها: در این تحقیق به منظور آنالیز بیان افتراقی ژن­ها در غده هاردرین مرغ تحت تنش گرمایی 6 ساعت پس از بیماری نیوکاسل در طیور لگهورن، از داده های مربوط به یک مطالعه RNA-seq با شماره دسترسی GSE118010 از سایت NCBI استفاده گردید. کیفیت و پیرایش خوانش­ها، نقشه یابی خوانش­ها روی ژنوم مرجع و خلاصه­سازی خوانش­های توالی خام روی این داده­ها صورت گرفته بود و به صورت ماتریس خوانش­های نقشه­یابی سطح ژن در سایت NCBI بارگذاری شده بودند. آنالیز داده­ها با یک برنامه تحت وب یکپارچه (iDEP) انجام شد. نتایج و بحث: اختلاف مشخصی بین دو گروه بدون چالش و چالش با ویروس نیوکاسل دیده شد که در امتداد اولین مولفه اصلی 79 درصد واریانس را توضیح داد. با بسته نرم افزاری DEseq2 و در گروه ازمایشی بدون چالش نسبت به گروه ازمایشی چالش با ویروس نیوکاسل در شرایط تنش گرمایی 1260 ژن بیان بالا و 432 ژن با بیان پائین و با آستانه میزان کشف اشتباه (FDR<0.01) و تغییر بیش از دو برابر شناسایی شدند. نتیجه گیری کلی: این مطالعه بینش جدیدی در مورد پاسخ رونویسی بافت غده هادرین مرغ در عفونت ویروسی بیماری نیوکاسل تحت استرس گرمایی با داده­های RNA-Seq ارائه نموده است.