تحلیل تفاوت بیان ژنی در بافت کبد جوجه‌های گوشتی پرورش‌شده در سیستم‌های ارگانیک در مقایسه با سیستم‌های متعارف با استفاده از داده¬های RNA-seq

چکیده مقاله

یکی از ویژگی‌های برجسته گوشت طیور پرورش‌یافته در این سیستم ارگانیک، غنی‌بودن آن از اسیدهای چرب امگا-۳ است که نقش مهمی در پیشگیری از بیماری‌های متابولیک و التهابی انسان دارد. با این حال، مکانیسم‌های ژنتیکی و مولکولی مؤثر بر تجمع این ترکیبات مفید در بافت‌های حیوانی هنوز به‌طور کامل شناخته نشده‌اند. پژوهش حاضر با استفاده از فناوری RNA-seq، با شماره دسترسی GSE231912 که در پایگاهNCBI موجود است، تفاوت‌های بیان ژنی در بافت کبد جوجه های گوشتی پرورش‌یافته در سیستم پرورشی ارگانیک (۵ قطعه) در مقایسه با سیستم متعارف یا شاهد (۵ قطعه) بررسی شد. جوجه‌ها به‌صورت تصادفی به دو گروه آزمایشی تقسیم شدند: گروه ارگانیک (۵ نمونه) که تنها از مواد خام ارگانیک تغذیه شدند و گروه متعارف یا شاهد (۵ نمونه) که از خوراک تجاری استاندارد استفاده کردند. آنالیز داده‌ها با استفاده از برنامه وب یکپارچه به نام iDEP انجام شد. از برترین ژن‌ها 2۰00 ژن (براساس توزیع واریانس همه ژن‌ها) در یک خوشه‌بندیk -Means به 8 خوشه تقسیم‌شدند. بعد از انالیز بیان افتراقی ژنها با روش DESeq2 براساس اطلاعات پایگاه KEGG تحلیل غنی‌سازی مسیرهای زیستی نشان‌داد که مسیرهای مرتبط با، Pyrimidine metabolism ، Glycerophospholipid metabolism، Nucleotide metabolism، RIG-I-like receptor signaling pathway و Biosynthesis of cofactors به‌طور معناداری غنی‌سازی شده‌اند. با مقایسه تیمار شاهد با سیستم ارگانیک، از مجموع 27171 ژن شناسایی شده، 9 ژن بیان بالا و 11 ژن بیان پایین داشتند. ژن‌های کاندید در بین ژن‌های با بیان پایین شامل CMPK2، ISG12، LOC422513، USP41، IFIT5، PISD، ZNFX1 و OASL بودند. بنابراین پرورش جوجه‌های گوشتی در سیستم ارگانیک می‌تواند به‌طور معنی‌داری الگوی بیان ژنی کبد را تغییر ‌دهد و مسیرهای متابولیک و ایمنی مرتبط با تولید اسیدهای چرب امگا-۳ و پاسخ‌های ضد ویروسی را تعدیل ‌کند.