بررسی ساختار ژنتیکی و واکاوی تبارزایی جدایه‌های ایرانی و عمّانی ویروس پیچیدگی برگ فلفل

Abstract

ویروس پیچیدگی برگ فلفل (chilli leaf curl virus, ChiLCV) با نام دوبخشی Begomovirus chillicapsici متعلق به جنس Begomovirus از خانواده Geminiviridae می‌باشد. ژنوم دی اِن اِی حلقوی تک لا، حدود 7/2 کیلوباز طول دارد که در پیکره‌های دوقلوی بهم چسبیده پوشش‌دار شده‌ است. ویروس توسط سفیدبالک Bemisia tabaci به روش پایا-گردشی منتقل می‌شود. به منظور بررسی ساختار ژنتیکی و واکاوی تبارزایی جدایه‌های ایرانی و عمّانی ویروس پیچیدگی برگ فلفل، توالی نوکلئوتیدی 24 جدایه ایرانی و عمّانی از ژن‌بانک استخراج و تحت واکاوی ژنتیکی قرار گرفت. در درخت تبارزایی جدایه‌های ایرانی در کنار جدایه‌های عمّانی قرار گرفتند. مقدار یکسانی ترادف نوکلئوتیدی جدایه‌های ایرانی و عمّانی بین 80/99-10/94 درصد محاسبه شد. واکاوی چندشکلی نوکلئوتیدی منجر به شناسایی 14 هاپلوتیپ در بین توالی‌ها شد. تعداد 235 جایگاه چندشکلی با تنوع هاپلوتیپی و نوکلئوتیدی به ترتیب برابر با 02761/0 و 862/0 محاسبه گردید. میانگین تعداد تفاوت‌های نوکلئوتیدی 029/76 بود. نرخ‌های جایگزینی غیرمترادف (dN) و مترادف (dS) نیز به ترتیب 6542/2 و 8342/1 محاسبه شد. نسبت dN/dS برابر با 44706/1 بود. نتایج بدست آمده نشان دهنده وجود فشار انتخاب مثبت بر روی ژنوم ویروس و همچنین تنوع نسبی درون جمعیت‌های مورد بررسی بود که میتواند تهدیدی برای افزایش دامنه میزبانی ویروس یا غلبه بر ارقام مقاوم باشد.